Dynamicznie rozbudowująca się Gdynia już w latach dwudziestych poprzedniego wieku stała się dla przełożonych zakonu jezuitów doskonałym miejscem na założenie nowej placówki. Starał się też o to budowniczy tego miasta Eugeniusz Kwiatkowski, który był wychowankiem Gimnazjum Jezuitów w Chyrowie.
W roku 1935 jezuici stają się właścicielami trzyhektarowego placu w pięknie położonej dzielnicy Działki Leśne między ulicami Zakopiańską, Tatrzańską Słupecką i Nowogrodzką. W kwietniu tego samego roku Ks. Biskup Wojciech Okoniewski – ordynariusz diecezji chełmińskiej, na terenie której leżała Gdynia, wydał formalną zgodę na otwarcie placówki jezuickiej w tym mieście.
Pierwszym superiorem (przełożonym) został o. Alojzy Chrobak SJ, który przyjechał do Gdyni pod koniec czerwca 1935 r. i zamieszkał najpierw u ks. dziekana Teodora Turzyńskiego na plebanii parafii NMP Królowej Polski przy ul. Świętojańskiej, a potem u państwa Malinowskich przy ul Tatrzańskiej 28, którzy odstąpili jezuitom trzy pokoje. Po przygotowaniu terenu pod budowę, 16 sierpnia 1936 r. przystąpiono do kładzenia fundamentów pod kaplicę i dom zakonny.
Budowa postępowała szybko. Już 30 stycznia 1937 r. poświęcono nowo wybudowaną kaplicę i odprawiono w niej pierwszą Mszę św. Do lipca 1937 r. zakończono prace przy urządzaniu domu zakonnego. Oprócz pracy duszpasterskiej przy kaplicy ojcowie podjęli pracę wychowawczą i nauczycielską w Gimnazjum dra Zegalskiego w Gdyni – Orłowie, przejętego przez jezuitów 1 września 1937 r. Uroczystego otwarcia szkoły-19 września1937 r. dokonał ks. biskup Wojciech Okoniewski – ordynariusz diecezji chełmińskiej. Na jesień 1939 r. zaplanowano rozpoczęcie budowy własnego gmachu gimnazjalnego przy ul. Tatrzańskiej na Działkach Leśnych.
Tymczasem 1 września 1939 r. wybuchła II wojna światowa. Do jezuitów dochodziły wieści, że gestapo planuje ich aresztowanie, a osoby przychylne zakonnikom radziły, by schronili się w prywatnych domach zaprzyjaźnionych rodzin. O. Józef Konewecki SJ- rektor i dyrektor Gdyńskiego Kolegium odrzucił taką możliwość, a do jednej z osób, które zachęcały do opuszczenia placówki skierował następujące słowa: „zazdrości nam pani śmierci męczeńskiej”.
21 października 1939 roku cała wspólnota jezuitów z Gdyni została aresztowana przez gestapo. Wszystkich wywieziono do lasów piaśnickich i tam zamordowano. Byli to: o. Józef Konewecki – rektor; o. Błażej Bajer; o. Edmund Ząbek; o. Karol Sudy; o. Czesław Głowa; o. Jan Brodowski; kleryk Jan Borsiak; brat Julian Mojkowski; brat Wojciech Wątróbka. Placówka przestała istnieć. W domu jezuickim znalazła siedzibę niemiecka szkoła policyjna.
W 1945 r. zdewastowaną rezydencję przejął o. Brunon Pawelczyk SJ.
06 kwietnia 1945r. w kaplicy na Działkach Leśnych została odprawiona pierwsza powojenna Msza św. Już 13 maja (na dwa lata) reaktywowano Gimnazjum Jezuitów w Gdyni-Orłowie. Po przeprowadzeniu remontu kaplicy jezuici podjęli pracę duszpasterską. Biskup Chełmiński Kazimierz Kowalski erygował przy kaplicy parafię. Dekret powołujący ją został wydany 01.08.1948 r. Ogłoszono go jednak dopiero 30.10.1949 r., a wszedł w życie z dniem 01.11.1949 r. Pierwszym proboszczem został o. Brunon Pawelczyk SJ.
1 listopada 1956 r., dekretem Ks. Biskupa Kazimierza Kowalskiego, mieszkańcy ul. Wolności 12 a – 62; ul. Kołobrzeskiej i ul. Lęborskiej, należący do parafii św. Rodziny, zostali przyłączeni do parafii św. Stanisława Kostki.
Przez długie lata działał tu chór ”Stella Maris”. Długoletnim jego dyrygentem był zmarły 29.06.1966r. o. Franciszek Lesiński SJ.
23.10.1960 r. na dzisiejszym Wzgórzu Świętego Stanisława Kostki odbyło się powitanie obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej, który peregrynował po polskich diecezjach i parafiach. W tym dniu diecezja gdańska przekazała Obraz Matki Bożej Częstochowskiej diecezji chełmińskiej. Uroczystość ta miała miejsce na placu przed kaplicą. Uczestniczyło w niej 15 tysięcy wiernych.
W marcu 1957r. jezuici otrzymali lokalizację ogólną na budowę kościoła na placu, który kupili przed wojną. Architekci przystąpili do sporządzenia projektu. Pracowały nad nim trzy niezależne od siebie zespoły. Ostatecznym terminem przedłożenia prac był 15.06.1957r. Projekty wpłynęły w lipcu.. 15.09.1957 r. wszystkie zostały odrzucone. Jezuici zaczęli szukać innych architektów. 10.11.1957r. wykonanie projektu kościoła zlecono prof. Bohdanowi Pniewskiemu z Warszawy. 22.12.1957r. był już gotowy ogólny szkic. Przyjęto go z ogromnym zadowoleniem. Mimo uznania dla osiągnięć prof. B. Pniewskiego (przed wojną twórcy Bazyliki Morskiej i w latach sześćdziesiątych kościoła św. Stanisława Kostki w Gdyni) nie przystąpiono do budowy. Prof. Pniewski nie miał szczęścia do Gdyni, ani Gdynia do architekta o tak znakomitym dorobku. 01.12.1958r. ówczesne władze nie wyraziły zgody na budowę kościoła parafialnego na Działkach Leśnych. Wśród oponentów wymienia się Marynarkę Wojenną, która wysuwała trudności z punktu strategicznego, iż ” w tym miejscu kościół nie jest pożądany”.
17.01.1971 r. o. proboszcz Franciszek Płatek SJ ponownie złożył w Wojewódzkiej Radzie Narodowej w Gdańsku podanie o zezwolenie na budowę kościoła. Było to konieczne, ponieważ wierni nie mieścili się w kaplicy. Z powodu trudności czynionych przez władze o. Prowincjał Władysław Janczak 15.02.1971r. złożył wizytę w Wojewódzkiej Radzie Narodowej. Niestety, zgody na budowę kościoła nie uzyskał.
Dopiero w roku 1982 otrzymano zezwolenie na budowę obszernego kościoła i Kolegium, w którym mieści się nowicjat i dom rekolekcyjny. Projekt wykonał inż. arch. Jan Maciej Kowalski z Sopotu.
25 września 1983r. Ks. Biskup Maria Przykucki poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła. Sprowadzono go z Rostkowa na Mazowszu, rodzinnej miejscowości patrona parafii. Kościół św. Stanisława Kostki zbudowano w latach 1984-1992.Pierwsz Msza św. została odprawiona 24.12.1992 r. – była to Pasterka.
Od 03 września 1994 r. reaktywowano Ogólnokształcące Liceum Jezuitów. Początkowo szkoła mieściła się w salkach katechetycznych.
Konsekracji Kościoła dokonał 12 listopada 1995 r. Ks. Arcybiskup Tadeusz Gocłowski -metropolita gdański. Głównym akcentem wystroju wnętrza jest dużych rozmiarów obraz na ścianie prezbiterium, przedstawiający patrona kościoła – św. Stanisława Kostkę. Obraz namalował brat Bronisław Podsiadły SJ z Warszawy.
29 grudnia – Rada Miasta podjęła Uchwałę: „Wzgórzu położonemu pomiędzy ulicami: Słupecką, Zakopiańską, Pomorską i Tatrzańską nadaje się nazwę – Wzgórze Świętego Stanisława Kostki”.
15 czerwca 2007 r. dekretem Ks. Arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego do parafii św. Stanisława Kostki zostali przyłączeni mieszkańcy z ulic: Karpackiej 1-11; Nowogrodzkiej 12-14 i 15-19; Pomorskiej 3-61; Słupeckiej 6-12A i 7-9 oraz Wolności 5-1A, wcześniej należący do parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa.
HISTORIA WEDŁUG DAT
- 1935 r. wrzesień – przybycie jezuitów do Gdyni i kupienie placu na Działkach Leśnych. Pierwszym Przełożony został o. Alojzy Chrobak, który tymczasowo zamieszkał u ks. dziekana Teodora Turzyńskiego – proboszcza parafii Najświętszej Marii Panny przy ul. Świętojańskiej.
- 1936-1937 r. – budowa kaplicy i domu zakonnego.
- 1937 r. 23 września – poświęcenie kaplicy przez Ks. Biskupa Wojciecha Okoniewskiego – ordynariusz diecezji chełmińskiej, w asyście władz II Rzeczpospolitej oraz otwarcie Gimnazjum Jezuitów w Orłowie (dawne Gimnazjum Zegalskiego).
- 1939 r. 24 października – aresztowanie pracujących w Gdyni jezuitów, którzy później zostali wywiezieni do obozu Stuttfof i rozstrzelani w lasach piaśnickich koło Wejherowa. Placówka jezuitów w Gdyni przestała istnieć. W domu zakonnym mieściła się niemiecka szkoła policyjna.
- 1945 r. kwiecień – jezuici wracają do Gdyni i rozpoczynają pracę duszpasterską i reaktywują Gimnazjum w Orłowie.
- 1949 r. 1 listopada – Ks. Biskup Kazimierz Kowalski – ordynariusz diecezji chełmińskiej eryguje parafię pod wezwaniem św. Stanisława Kostki. Pierwszym proboszczem został o. Brunon Pawelczyk SJ.
- 1956 r. 1 listopada – dekretem Ks. Biskupa Kowalskiego mieszkańcy ul. Wolności 12a – 62; ul. Kołobrzeskiej i Lęborskiej należący do parafii św. Rodziny zostali przyłączeni do parafii św. Stanisława Kostki.
- 1957 r. – starania i rozpoczęcie prac nad projektem budowy nowego kościoła, niestety władze nie dawały pozwolenia na budowę.
- 1960 r. – 23 października na placu kościelnym centralne uroczystości przekazania obrazu Matki Boskiej od diecezji gdańskiej dla diecezji chełmińskiej.
- 1962 r. 4 luty – prymicje parafianina o. Stanisława Bradtke – werbisty.
- 1964 r. 28 czerwca – prymicje parafianina o. Jerzego Laskowskiego – jezuity.
- 1982 r. – otrzymanie pozwolenia na budowę kościoła i kolegium (nowicjatu).
- 1983 r. 25 września – Ks. Biskup Marian Przykucki ordynariusz diecezji chełmińskiej poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła.
- 1983-1987 r. – budowa kościoła i kolegium według projektu inż. arch. Macieja Kowalskiego.
- 1987 r. 31 lipca – erygowanie dekretem o. Generała Zakonu Jezuitów nowicjatu prowincji wielkopolsko-mazowieckiej Towarzystwa Jezusowego, który został przeniesiony z Kalisza do Gdyni.
- 1992 r. 14 czerwca prymicje naszego parafianina ks. Piotra Baranowskiego.
- 1992 r. 28 czerwca prymicje naszego parafianina o. Karola Andrzeja Milewskiego; karmelity bosego.
- 1992 r. 24 grudnia – pierwsza Msza św. (pasterka) w nowym kościele.
- 1993 r. – poświęcenia kościoła przez Arcybiskupa Gocłowskiego
- 1994 r. 3 września – reaktywowanie Ogólnokształcącego Liceum Jezuitów.
- 1995 r. 12 listopada – konsekracja kościoła przez Księdza Arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego.
- 1999 r. 29 grudnia – Rada Miasta Gdyni podjęła uchwałę: „Wzgórzu położonemu pomiędzy ulcami: Słupecką, Zakopiańską, Pomorską i Tatrzańską nadaje się nazwę – Wzgórze św. Stanisława Kostki”.
- 2007 r. 15 czerwca – dekretem Ks. Arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego do parafii św. Stanisława Kostki zostali włączeni mieszkańcy z ulic: Karpackiej 1-11; Nowogrodzkiej 12-14 i 15-19; Pomorskiej 3-61; Słupeckiej 6-12A i 7-9 oraz Wolności 5-11A wcześniej należący do parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa.
- 2009 r. czerwiec – grudzień – remont dachu kościoła na blachę tytanowo – cynkową i montaż nowego 7 metrowego oświetlonego krzyża.